次のセクションである『イノセンス』（2004）は『GHOST IN THE SHELL/攻殻機動隊』の続編にあたる作品で、草薙素子が失踪したのち、その影を同僚であったバトーが感じつつ、少女型の愛玩用ロボットの暴走事件を追いかける物語だ。本作の資料群も小規模ながら展示されており、とくに球体関節人形をモチーフとした愛玩用ロボットの、人間を感じさせながらも、人間ではない、操られた動きは本作のアニメーションの大きな見どころとなっている。
本セクションの付近には美術家・片山真理による《you're mine #000 / #001》《you're mine #001》が展示されている。義足を身体の拡張ととらえセルフポートレイトを展開する片山は、攻殻機動隊が提示した身体の拡張、「ゴースト」と呼ばれる魂の在り処といったテーマと呼応する。
また、池上高志の《傀儡神楽 ALTER the Android KAGURA》の映像も展示されている。能楽師の動きをトレースしたヒューマノイドが自律的に舞う本作は、人形に心が宿るか、という『イノセンス』の問いと共鳴している。
