企画段階から国内外のパートナーとプログラムをつくっていくことも同施設の特徴とされており、その取り組みの一部も発表された。
松竹との取り組みは「伝統芸能の新しい鑑賞体験の創造」として、歌舞伎が長年の歴史のなかで培ってきた身体性を尊重し、俳優の記録映像と現代のパフォーマンスが融合した舞台作品の上演を目指す。また、身体表現の記録アーカイブを行うとともに、伝統的な演目を題材にした新しい公演の開発も試みるとしている。
ロンドンの複合文化施設のバービカン・センターとはテーマリサーチやコンセプトメイキング等をともに行い、共同でコンテンツを制作するとともに、展覧会やイベントを企画。青森県立美術館とは、同館に展示されている作品を、Box1000の大型LEDによってダイナミックに再構築し、スケールアップした作品として新たに演出する予定だ。加えて、日本各地の文化拠点を巡回できるプログラムも開発する。
なお、本施設で実施するプログラムを企画運営する組織として2022年に「一般財団法人JR東日本文化創造財団」も設立されており、開発準備室長には日本科学未来館でキュレーターを務めていた内田まほろが就任している。
