第3章「見えない宇宙を観る」では、太陽系の外側にある銀河系や、宇宙からの光、恒星が生まれる過程などをポケモンとともに紹介。太陽系外惑星の特徴をポケモンと照らしたり、星の進化の過程をポケモンの進化に見立てたりといった展示が、ポケモンの模型とともに展開される。
第3章と第4章のあいだには「メテノトンネル」が設けられている。ここでは、ながれぼしポケモンの「メテノ」の生態を通して隕石への理解を深めつつ、宇宙から地球へと意識を戻していくこととなる。
第4章「生命の星 地球」では、多様な生態を持つポケモンを参照しつつ、地球の自然の豊かさを改めて考える。空中に展示された何億年もオゾン層の中で生き続けている伝説のポケモン「レックウザ」の模型とともに、地球とは何かに思考を巡らせる。
